مواد موثره گیاهان داروئی دو نوع هستند: نوع اول حاصل از متابولیسم اولیه. نوع دوم حاصل از سوخت و ساز ثانویه که به عنوان ترکیبات فرعی و انتهایی متابولیسم اولیه در نظر گرفته می شوند که متابولیت ثانویه نامیده می شوند. این ترکیبات به مقدار کمی در سلول ذخیره شده و عمدتاً در سلول های تخصصی و در مرحله خاصی از چرخه گیاه تولید می شوند. مهمترین آنها آلکالوئیدها، فنولیک ها، روغن های ضروری ، تاتن ها، فلاونوئیدها و غیره می باشند. تولید این ترکیبات برای گیاه گران و هزینه بر می باشد ولی گیاه این ترکیبات را بیهوده تولید نمی کند و اهداف خاصی جهت تولید، ترشح و ذخیره آنها دارد.